Setelah 25 tahun berjalan, otonomi daerah tetap menjadi pilihan strategis dalam kerangka Negara Kesatuan Republik Indonesia. Namun, risiko pelemahan otonomi akibat berbagai dinamika kebijakan berpotensi mengganggu stabilitas tata kelola pemerintahan. Konsistensi politik hukum, desentralisasi asimetris yang terukur, dan perbaikan tata kelola diharapkan menjadi kunci penguatan otonomi daerah.
Kepala PR PDN BRIN, Mardyanto Wahyu Tryatmoko, menjelaskan bahwa dalam praktiknya, desentralisasi di Indonesia menghadapi paradoks serius. Di satu sisi terdapat kemajuan administratif namun disisi lain, muncul fenomena fractured autonomy. Desain kebijakan yang tidak konsisten pun berisiko menciptakan ketidakteraturan institusional apabila otonomi daerah ada pada kerangka yang terlalu sentralistik. Untuk itu pemerintah perlu melakukan reposisi kebijakan, termasuk revisi UU 23/2014 untuk memperjelas keleluasan kewenangan daerah, terutama di daerah konflik.
Sementara itu, akademisi Universitas Kristen Satya Wacana, Umbu Rauta, menegaskan bahwa perlunya keseimbangan antara relasi pusat dan daerah sebagaimana yang diatur dalam dasar konstitusional yang kuat pasca-amandemen UUD 1945. Di satu sisi masih ada persoalan mengenai kejelasan terminologi dan parameter yang terukur antara daerah khusus dan daerah istimewa. Parameter itu antara lain aspek politik, geografis, ekonomi, sosial-budaya, dan kebutuhan strategis pemerintahan, sehingga pembentukan daerah khusus tidak bersifat diskresioner.