Presiden Prabowo Subianto dan Perdana Menteri (PM) Malaysia Anwar Ibrahim menggelar pertemuan bilateral di Istana Merdeka, Jakarta Pusat, pada Selasa, 29 Juli 2025. Pertemuan yang berlangsung hangat tanpa seremoni kenegaraan ini merupakan bagian dari Konsultasi Tahunan Indonesia-Malaysia ke-13 sekaligus pertemuan resmi pertama keduanya sebagai kepala negara. Dalam pertemuan empat mata tersebut, Presiden Prabowo mengapresiasi kepemimpinan Anwar sebagai Ketua ASEAN, khususnya dalam upaya mediasi konflik antara Kamboja dan Thailand. Menurut Menteri Luar Negeri Sugiono, Presiden Prabowo menegaskan dukungan Indonesia terhadap penyelesaian konflik kawasan melalui jalur damai dan musyawarah. PM Anwar juga mendorong agar negara-negara ASEAN, termasuk Indonesia dan Filipina, ikut serta memantau proses mediasi guna menjaga stabilitas kawasan.
Selain membahas isu kawasan, pertemuan ini juga menghasilkan sejumlah kesepakatan kerja sama strategis di bidang pendidikan dan ekonomi. Salah satu hasil konkret adalah pembangunan Community Learning Center (CLC) di wilayah perbatasan Malaysia untuk anak-anak pekerja migran Indonesia, guna meningkatkan akses pendidikan dasar di Semenanjung Malaysia, Sabah, dan Sarawak. Isu perbatasan seperti wilayah Ambalat turut dibahas, dengan kesepakatan untuk menanganinya secara musyawarah serta menjadikannya kawasan kerja sama ekonomi bersama, terutama di sektor perikanan. Dalam isu perdagangan, kedua pemimpin sepakat meningkatkan volume perdagangan bilateral yang telah mencapai USD 25,5 miliar. Kedekatan personal antara Prabowo dan Anwar—yang telah bertemu setidaknya enam kali sejak Oktober 2024—dinilai memperkuat kerja sama di berbagai sektor, termasuk ekonomi, perbatasan, dan diplomasi kawasan.