Presiden Prabowo telah menerbitkan Perpres Nomor 139 Tahun 2024 tentang Penataan Tugas dan Fungsi Kementerian Negara. Dalam perpres diatur, susunan kementerian negara dalam Kabinet Merah Putih periode 2029-2029 terdiri atas 48 kementerian. Dari 48 kementerian, hanya 20 kementerian yang nomenklatur, tugas, dan fungsinya tidak berubah, sedangkan 28 kementerian lainnya mengalami perubahan nomenklatur, tugas, dan fungsi akibat dimekarkan menjadi beberapa kementerian.
Presiden Prabowo juga membubarkan Sekretariat Kabinet. Pelaksanaan tugas dan fungsi Sekretariat Kabinet diintegrasikan ke Kementerian Sekretariat Negara. Prabowo menugaskan Menpan dan RB untuk mengusulkan penataan organisasi kementerian. Penataan organisasi harus diselesaikan paling lambat akhir 2024.
Dalam perpres, diatur pula soal tugas dari setiap menteri koordinator (menko). Adapun Menko Bidang Hukum, Hak Asasi Manusia (HAM), Imigrasi, dan Pemasyarakatan mengoordinasikan Kementerian Hukum, Kementerian HAM, serta Kementerian Imigrasi dan Pemasyarakatan.
Sementara Menko Perekonomian bertugas mengoordinasikan Kemenaker, Kemenperin, Kemendag, Kementerian ESDM, Kementerian BUMN, Kementerian Investasi dan Hilirisasi, dan Kemenpar. Menko PMK mengoordinasikan Kemenag, Kementerian Dikdasmen, Kementerian Pendidikan Tinggi Sains, dan Teknologi, Kemenbud, Kemenkes, Kementerian PPPA, Kementerian Kependudukan dan Pembangunan Keluarga, serta Kemenpora. Menko Bidang Infrastruktur dan Pembangunan Kewilayahan ditugaskan mengoordinasikan Kementerian Agraria dan Tata Ruang, Kementerian Pekerjaan Umum, Kementerian Perumahan dan Kawasan Permukiman, Kementrans, serta Kemenhub. Menko Bidang Pemberdayaan Masyarakat ditugaskan mengoordinasikan Kemensos, Kementerian Pelindungan PMI, Kementerian Desa dan PDT, Kementerian Koperasi, Kementerian UMKM, serta Kementerian Ekonomi Kreatif/Badan Ekonomi Kreatif. Terakhir, Menko Bidang Pangan bertugas mengoordinasikan Kementerian Pertanian, Kementerian Kehutanan, Kementerian Kelautan dan Perikanan, Kementerian Lingkungan Hidup, Badan Pangan Nasional, dan Badan Gizi Nasional.
