Pemerintah mendesain Ibu Kota Negara (IKN) Nusantara agar terhindar dari banjir selama 100 tahun dengan membangun sejumlah kolam retensi dan bendungan. Kepala Balai Wilayah Sungai Kalimantan IV Samarinda Harya Muldianto mengatakan kolam retensi yang dibangun adalah SG-3, kolam retensi TR-01, dan kolam retensi TR-7 yang ketiganya bisa mereduksi banjir dan menunjang penerapan Zero Delta Q. Penyebab banjir selama ini di wilayah IKN antara lain curah hujan tinggi, pengaruh pasang surut air laut, bottleneck pada gorong-gorong jembatan dan jalan provinsi, serta kondisi topografi cenderung datar.
Harya juga mengatakan bahwa teridentifikasi kejadian banjir tahunan (2-3 kali) pada lima sungai di Kecamatan Sepaku yang berdampak pada pemukiman serta jalan protokol Sepaku. Kegiatan mengendalikan banjir, sampai 2024 berupa normalisasi sungai sepanjang 25 kilometer, serta memperlancar bottleneck di setidaknya di lima titik. Selanjutnya program jangka panjang 2024-2045 dengan membangun tampungan retensi banjir sesuai rencana induk pengendalian banjir daerah aliran Sungai Sanggai.
