PT Pelayaran Nasional Indonesia (Persero) atau PT Pelni merealisasikan anggaran subsidi tol laut sebesar Rp214 Miliar dengan 120 voyage sepanjang 2024. Direktur Usaha Angkutan Barang dan Tol Laut PELNI Kokok Susanto menjelaskan sepanjang 2024 anggaran tol laut yang diberikan ke PT Pelni adalah sebesar Rp214 miliar. Adapun sepanjang 2024 dengan 8 trayek, Pelni merealisasikan muatan berangkat sebanyak 9.215 teus dengan kontribusi tertinggi oleh KM Logistik Nusantara 5 trayek T9 disusul oleh KM Logistik Nusantara 1 dengan trayek T-26. Sementara itu untuk muatan balik, Pelni mencatatkan sebesar 3.233 teus. Muatan Balik ini didominasi oleh KM Logistik Nusantara 5 dan KM Logistik Nusantara 3. Pada tahun 2025, PELNI tetap ditugaskan untuk menjalani delapan trayek Tol Laut.
Sementara itu pada 2024, dengan jumlah trayek yang sama, PELNI berhasil memenuhi target 100 persen sebanyak 120 voyage. Sementara untuk 2025, PELNI ditargetkan menjalani 118 voyage untuk delapan trayek. Kemudian untuk 2025, Pelni mendapatkan tambahan tiga pelabuhan baru, yaitu Nunukan yang disinggahi KM Lognus 2 di trayek H-1, Pelabuhan Tual di KM Lognus 1 untuk trayek T-24, dan Pelabuhan Tanjung Uban di KM Lognus 4. Untuk 2025, total pelabuhan yang disinggahi sebanyak 33 dari 32 pelabuhan di 2024. Selain penambahan tiga pelabuhan, di tahun 2025 terdapat dua pelabuhan yang tidak lagi disinggahi oleh kapal tol laut Pelni, yaitu Pelabuhan Patimban dan Pelabuhan Kijang.
