Selain usulan pemekaran wilayah, lima daerah turut mengajukan permohonan untuk menjadi daerah otonomi khusus. Kelima daerah yang mengusulkan status sebagai daerah otonomi khusus adalah Kepulauan Riau, Bali, Kalimantan Selatan, Kalimantan Timur, dan Maluku Utara. Wakil Ketua Komisi II DPR, Zulfikar Arse Sadikin, menyebut bahwa hingga kini Komisi II belum membahas lebih lanjut usulan tersebut. Menurut Zulfikar, data mengenai permohonan otonomi khusus itu masih bersifat administratif dan berasal dari pencatatan internal Kemendagri.
Menanggapi kondisi banyaknya daerah yang belum mandiri secara fiskal dan tetap mengajukan status otonomi khusus, Zulfikar menilai hal tersebut bukanlah hal yang bijak. Karena itu, Komisi II DPR dan Kemendagri akan secara ketat mengevaluasi pemenuhan persyaratan dari setiap usulan apabila dua PP nanti sudah diterbitkan.
Kemendagri menegaskan bahwa proses usulan status otonomi khusus masih terkendala moratorium dan belum rampungnya dua rancangan peraturan pemerintah yang menjadi prasyarat.
