Ketua SETARA Institute Hendardi mengkritik Badan Pembinaan Ideologi Pancasila (BPIP) selama ini hanya bekerja dengan melakukan kegiatan seremoni dan agitasi. Ia menilai perlu ada penanganan intoleransi dan radikalisme secara menyeluruh dari hulu untuk menghindari persoalan terorisme di Indonesia. Hal ini berkaca dari proses hukum terhadap organisasi masyarakat (ormas) Khilafatul Muslimin. Menurutnya BPIP sebagai lembaga yang ditujukan untuk membudayakan Pancasila harus mampu membantu pembangunan kesejahteraan umum, mencerdaskan kehidupan bangsa dan melindungi setiap warganya dari paham-paham yang bertentangan dengan dasar negara.
Selain itu, Hendardi juga meminta agar Badan Nasional Penanggulangan Teroris (BNPT) tak kehilangan fokusnya dan terjebak pada rutinitas kegiatan deradikalisasi semata. Menurutnya, peranan BNPT penting untuk dapat melakukan pencegahan terorisme dari aspek hulu. Menurut Hendardi langkah kepolisian dalam menangani Khilafatul Muslimin tanpa menggunakan Undang-undang Terorisme sudah tepat. Menurutnya, kelompok tersebut memang selama ini belum atau tidak melakukan tindak pidana khusus tersebut.
Satu-satunya yang dilakukan adalah mempromosikan ideologi yang berbeda. Sehingga penindakan terhadap pimpinan dan pengurus mereka adalah langkah tepat untuk mencegah gagasan Khilafatul Muslimin terwujud. Hendardi beranggapan bahwa kelompok-kelompok intoleran seperti Khilafatul Muslimin akan terus tumbuh seiring dengan kinerja pemerintah dalam melakukan penanganan intoleransi, radikalisme dan terorisme.
