Sejumlah akademisi dan organisasi masyarakat sipil menilai agreement of reciprocal trade (ART) antara Indonesia dan Amerika Serikat bukan sekadar perjanjian perdagangan, melainkan berpotensi menjadi instrumen politik ekonomi yang dapat memengaruhi kedaulatan nasional, terutama dalam pengelolaan sumber daya alam dan lingkungan. Guru Besar Filsafat Universitas Haluoleo, Yani Taufik, menyoroti sejumlah klausul seperti national treatment, most favoured nation (MFN), dan investor protection yang dinilai dapat membatasi kebijakan nasional, melemahkan industri dalam negeri, hingga memicu gugatan investor asing melalui mekanisme investor-state dispute settlement (ISDS).
Para pengkritik juga menilai hubungan Indonesia-AS dalam ART tidak setara karena Indonesia berpotensi hanya menjadi pemasok bahan mentah, sementara nilai tambah industri dinikmati negara maju. Kebijakan hilirisasi nasional dinilai terancam karena regulasi lingkungan atau pembatasan investasi dapat dianggap menghambat kepentingan investor asing. Yani mengusulkan mitigasi melalui penguatan ruang kebijakan nasional, perlindungan lingkungan, reformasi ISDS, dan penguatan diplomasi negara-negara berkembang agar posisi tawar Indonesia lebih kuat.
Direktur Eksekutif Indonesia for Global Justice (IGJ), Rahmat Maulana Sidik, menyebut ART sebagai bentuk “penjajahan gaya baru” karena substansi perjanjian dinilai lebih banyak membebankan kewajiban kepada Indonesia dibandingkan Amerika Serikat. Salah satu klausul mengharuskan Indonesia mempermudah investasi AS dalam eksplorasi dan pengolahan mineral kritis serta energi. Selain itu, Indonesia juga dinilai berpotensi menanggung beban lingkungan akibat aktivitas ekstraktif dan bahkan mendukung pengembangan infrastruktur ekspor batu bara AS di pasar global.
Kritik serupa disampaikan akademisi dan organisasi masyarakat lainnya yang menilai ART mencerminkan bentuk imperialisme ekonomi modern. Mereka menilai perdagangan global tidak pernah benar-benar setara dan cenderung menguntungkan negara maju. Lembaga Hikmah dan Kebijakan Publik (LHKP) PP Muhammadiyah bahkan menilai kerja sama internasional yang melemahkan kedaulatan sumber daya alam bertentangan dengan kepentingan nasional. Karena itu, mereka mendesak pemerintah melakukan evaluasi menyeluruh terhadap ART, mengedepankan transparansi, melibatkan partisipasi publik, serta memastikan perlindungan lingkungan, keadilan ekologis, dan kedaulatan ekonomi tetap menjadi prioritas utama.