Kementerian Pendidikan Dasar dan Menengah (Kemendikdasmen) mengusulkan dalam RUU Sisdiknas agar pemerintah pusat memiliki kewenangan menyelenggarakan satuan pendidikan dari jenjang PAUD hingga SMA. Selain itu, diusulkan pula konsep desentralisasi asimetris, yang memungkinkan pusat mengambil alih sementara pengelolaan pendidikan di daerah yang dinilai tidak mampu memenuhi standar pelayanan minimal atau mengalami ketertinggalan signifikan.
Usulan ini menuai kritik dari berbagai pihak. JPPI menilai sentralisasi tersebut berisiko membuat birokrasi menjadi lamban, menyeragamkan kurikulum, hingga mengabaikan konteks lokalitas, dan dianggap kembali ke pola era Orde Baru. Senada dengan itu, Bupati Timor Tengah Utara, Yosep Falentinus Delasalle Kebo, menekankan pentingnya menjaga otonomi daerah sesuai UU Nomor 23 Tahun 2014, serta menyarankan agar peran pusat cukup sebatas penetapan standar operasional prosedur saja.
Menanggapi kritik tersebut, Kepala Badan Kebijakan Pendidikan Dasar dan Menengah Kemendikdasmen, Toni Toharudin, menegaskan bahwa sekolah yang dikelola pusat bertujuan menjadi model praktik baik bagi daerah, bukan untuk mengambil alih kewenangan daerah secara permanen. Ia menambahkan bahwa konsep desentralisasi asimetris bersifat korektif guna menjamin pemerataan mutu pendidikan, sembari menegaskan bahwa pembagian kewenangan pendidikan lainnya tetap akan mengikuti pola yang berlaku saat ini.