Anggota Komisi III DPR dari Fraksi Partai Gerindra, Habiburokhman, mengatakan pengungkapan kasus ini menjadi peringatan bagi penyelenggara negara agar melaksanakan tugasnya sesuai dengan peraturan perundang-undangan. Anggota Komisi III DPR dari Fraksi Partai Kebangkitan Bangsa (PKB), Jazilul Fawaid, berharap pengusutan kasus ini berdasarkan fakta hukum yang akan dibuktikan di pengadilan. Jazilul mengatakan, pengungkapan kasus Rafael bisa menjadi pintu masuk untuk mengungkap tindak pidana asal dalam kasus dugaan transaksi mencurigakan yang terkait dengan Kementerian Keuangan.
Staf Khusus Menteri Keuangan, Yustinus Prastowo, mengatakan belajar dari kasus Rafael, Kemenkeu melakukan langkah perbaikan mulai dari penguatan sistem pencegahan melalui tiga lini pertahanan, yakni manajemen, satgas Sistem Pengendalian Intern Pemerintah (SPIP), dan Aparat Pengawasan Intern Pemerintah (APIP). Selain itu, dengan memperkuat saluran pengaduan. Langkah selanjutnya, Kemenkeu memperkuat pengawasan lini pertama, yaitu pengawasan oleh atasan langsung. Kemenkeu juga melakukan pemutakhiran sistem profiling (identifikasi orang) dengan memanfaatkan data pihak ketiga dan media sosial. Koordinasi kelembagaan dengan PPATK dan aparat penegak hukum juga diperkuat. Terakhir, proses penegakan aturan disiplin dan kode etik pegawai.
Menurut Sekretaris Jenderal Sekretariat Nasional Forum Indonesia untuk Transparansi Anggaran, Misbakhul Hasan, Kemenkeu telah melakukan pembiaran sehingga praktik pemberian gratifikasi oleh wajib pajak kepada petugas pajak lazim dilakukan seperti yang terjadi dalam kasus Rafael. Sebagai langkah perbaikan, perlu diperkuat penggunaan teknologi informasi untuk mempermudah sistem peringatan dini jika ada potensi pelanggaran. Misbakhul berharap independensi APIP diperkuat, karena mereka mengawasi rekan sejawat sendiri sehingga ada keengganan untuk menindak ketika ada pelanggaran.
