Peneliti Senior Badan Riset dan Inovasi Nasional (BRIN), Lili Romli menilai situasi konflik internal PBNU telah mengarah pada dualisme kepemimpinan yang berpotensi merusak integritas organisasi. Lili Romli mencatat bahwa saat ini, baik kepemimpinan Gus Yahya maupun kepemimpinan Zulfa Mustofa sama-sama mengklaim memiliki dasar dan legitimasi yang kuat, serta sama-sama mengacu pada AD/ART organisasi.
Sebagai organisasi keagamaan terbesar, Romli menekankan bahwa konflik yang berlarut-larut ini harus segera diakhiri karena tidak elok bagi organisasi yang dihuni oleh para kiai dan ulama. Ia melihat jalan islah atau rekonsiliasi masih terbuka lebar. Jika konflik ini terus berlarut-larut, dikhawatirkan akan muncul kekecewaan dari para jamaah. Konsekuensi terburuknya adalah munculnya krisis kepercayaan dan krisis legitimasi otoritas keagamaan.
Romli mengusulkan tiga opsi penyelesaian utama jika islah gagal dicapai. Pertama, jalur hukum yang menyelesaikan sengketa kepengurusan melalui pengadilan. Kedua, penyelenggaraan muktamar lebih awal. Ketiga, muktamar luar biasa yang merupakan mekanisme darurat untuk menyelesaikan konflik organisasi.