Dalam APBN 2026, Dana Otonomi Khusus (Otsus) dialokasikan sebesar Rp14 triliun lebih. Sebagaimana bunyi pasal 13 ayat (1) UU 17/2025 tentang APBN 2026 “”Dana Otonomi Khusus sebagaimana dimaksud dalam Pasal 9 ayat (21) huruf d direncanakan sebesar Rp14.000.629.540.000 (empat belas triliun enam ratus dua puluh sembilan juta lima ratus empat puluh ribu rupiah).”
Enam provinsi di Wilayah Papua yakni Papua, Papua Barat, Papua Pegunungan, Papua Tengah, Papua Selatan, dan Papua Barat Daya mendapat alokasi anggaran terbesar dengan total Rp9.000.435.000 atau Rp9,43 triliun. Sementara Provinsi Aceh memperoleh alokasi Dana Otsus sebesar Rp4.000.193.705.000 atau Rp4,19 triliun.
Pada Pasal 13 ayat (3) UU mengenai APBN 2026 disebutkan bahwa “Penggunaan Dana Otonomi Khusus diprioritaskan untuk mendukung program prioritas nasional, yang dapat berupa pendidikan, kesehatan, makan bergizi gratis, ketahanan pangan, infrastruktur, dan ketahanan energi.”
Selain mendapatkan Dana Otsus, Papua juga mendapatkan alokasi anggaran Dana Tambahan Infrastruktur (DTI) sebesar Rp1 triliun. Anggaran ini akan diprioritaskan untuk pembangunan infrastruktur dasar terutama bagi daerah otonomi baru di Papua.