Rancangan Undang-Undang tentang Daerah Khusus Jakarta atau RUU DKJ, terdapat klausul soal Dewan Kawasan Aglomerasi yang dinilai memiliki benturan kepentingan sangat kuat. Menurut pengamat kebijakan publik dari Universitas Trisakti, Trubus Rahadiansyah, klausul baru itu sama saja dengan klausul yang lama. Sebab, presiden bisa saja tetap akan menunjuk wapres sebagai ketua dewan aglomerasi. Trubus melihat benturan kepentingan tetap sangat kuat dalam penunjukan dewan aglomerasi nanti.
Selama pembahasan RUU tersebut, klausul terkait Dewan Kawasan Aglomerasi menjadi salah satu hal yang diperdebatkan. Sebab, jika merujuk pada draf awal RUU DKJ, disebutkan bahwa dewan aglomerasi dipimpin oleh wakil presiden. Setelah melewati perdebatan, akhirnya panja sepakat ketua dan anggota Dewan Kawasan Aglomerasi ditunjuk oleh presiden.
Pengamat tata kota Yayat Supriatna memandang, perlu diperjelas sejauh mana kekuatan yang dimiliki oleh dewan aglomerasi untuk menyinkronkan kebijakan antar-wilayah. Singkatnya pembahasan RUU DKJ juga mengundang perhatian. Apalagi selama RUU itu dibahas, tak ada agenda mengundang perwakilan masyarakat dan pakar.