Wamendagri, John Wempi Wetipo, mengatakan perlu ada pendampingan untuk meletakkan fondasi-fondasi dasar yang kuat agar pembentukan Provinsi Papua Selatan, Papua Tengah, dan Papua Pegunungan berhasil (13/11). Pendampingan akan dilakukan sampai terpilihnya gubernur definitif hasil pemilihan kepala daerah di akhir 2024. John Wempi mengatakan pendampingan yang diberikan untuk beberapa aspek, di antaranya penyusunan peraturan gubernur, pembentukan organisasi perangkat daerah, pemilihan Majelis Rakyat Papua (MRP), dan kursi pengangkatan Dewan Perwakilan Rakyat Papua (DPRP). Selain itu, pendampingan penyusunan rencana induk tata kota serta penataan rencana tata ruang dan tata wilayah.
Direktur Penataan Daerah, Otonomi Khusus, dan Dewan Pertimbangan Otonomi Daerah Kemendagri Valentinus Sudarjanto Sumito, mengatakan pendampingan pusat kepada tiga DOB Papua bukanlah bentuk intervensi. Tiga DOB Papua memang membutuhkan pendampingan yang kuat agar penjabat gubernur yang sudah dilantik bisa langsung bekerja. Valentinus menuturkan, mengacu pada aturan induk, Kemendagri bekerja sama dengan kementerian lain untuk pendampingan DOB Papua, Misalnya terkait dengan urusan organisasi perangkat daerah (OPD) untuk DOB Papua, yang akan bekerja sama dengan Kemenpanrb. DOB Papua juga diminta segera bekerja untuk mempersiapkan pemilu serta pilkada serentak pada 2024. Karena itu, KPU provinsi, dan kabupaten, kota harus segera dibentuk, serta menyiapkan tenaga lapangan untuk mengejar tahapan krusial pemilu tahun depan. Tanpa pendampingan, pembinaan, dan pengawasan dari pusat, dikhawatirkan mereka tidak bisa mengejar tahapan krusial itu.
Peneliti Senior pada Departemen Politik dan Perubahan Sosial CSIS, Vidhyandika Djati Perkasa, mengingatkan agar pendampingan tidak sebatas di tingkat elite, yakni penjabat gubernur, sebagai pelaksana, tetapi mesti dilakukan hingga ke masyarakat akar rumput, terutama mereka yang kontra dan pro terhadap pemekaran. Pendampingan juga dimintanya melalui pendekatan dialogis. Pemerintah pusat tetap diminta menghormati otonomi yang dimiliki ketiga DOB dalam melaksanakan fungsi pemerintahan. Orang asli Papua (OAP) juga semakin kritis dengan kebijakan pemerintah pusat sehingga perlu ada kesepahaman bersama dalam membangun provinsi baru di Papua.