Otorita Ibu Kota Negara (IKN) Nusantara mendapat kewenangan untuk menarik pajak khusus dan pungutan khusus di wilayah ibu kota baru. Kewenangan pajak IKN tersebut tercantum dalam draf peraturan pemerintah (PP) tentang pendanaan dan pengelolaan anggaran untuk pembiayaan IKN, yang saat ini masuk fase konsultasi publik. Direktur Harmonisasi Peraturan Penganggaran Kementerian Keuangan, Didik Kusnaini, mengatakan pajak khusus IKN berbeda dari pajak yang dipungut oleh Direktorat Jenderal Pajak Kementerian Keuangan. Menurut dia, pajak khusus IKN masuk dalam skema pajak daerah dan retribusi daerah (PDRD).
Selain memungut pajak IKN, Otorita bisa menarik pungutan khusus karena lembaga tersebut melakukan pelayanan publik. Bahkan, Otorita IKN dapat memperoleh penerimaan negara bukan pajak (PNBP). Pajak dan pungutan khusus itu akan menjadi dua sumber pemasukan Otorita IKN. Undang-Undang Nomor 3 Tahun 2022 tentang IKN sudah mengamanatkan bahwa Otorita IKN boleh memungut pajak khusus. Dasar pelaksanaan pemungutan pajak dan pungutan khusus itu diatur dalam peraturan yang ditetapkan Otorita IKN setelah mendapat persetujuan dari Dewan Perwakilan Rakyat.
Manajer Riset Center for Indonesia Taxation Analysis (CITA), Fajry Akbar, mengatakan pajak atau pungutan khusus tersebut seharusnya dapat diberlakukan atas eksternalitas positif ibu kota baru. Contohnya kenaikan harga tanah di daerah tersebut akibat proyek IKN. Kenaikan harga, dapat dikenai pajak atau pungutan khusus oleh Otorita IKN. Potensi pajak khusus IKN akan bergantung pada kondisi perekonomian di wilayah itu. Kondisi ekonomi akan menentukan basis pajak atau pungutan khusus yang akan ditarik, yang kemudian menentukan nilai penerimaannya. Selain menjanjikan tambahan penerimaan, ada risiko dari pajak khusus IKN. Fajry mengatakan pajak khusus IKN bisa mengalihkan sebagian potensi penerimaan dari wilayah terdekat, seperti Kutai Kartanegara dan Penajam Paser Utara. Peneliti dari Institute for Development of Economics and Finance (Indef), Nailul Huda, mengatakan pajak dan pungutan untuk pembiayaan IKN bisa menimbulkan konflik antara Otorita IKN dan pemerintah daerah setempat.
