Yahya Cholil Staquf mengklaim kerap mendapat teror sejak konflik interal Pengurus Besar Nahdlatul Ulama atau PBNU membuncah. Ia mendapatkan berbagai bentuk teror lewat telepon dan pesan WhatsApp. Yahya tak menceritakan secara detail bentuk teror tersebut. Ia juga tak membuka identitas pelaku teror tersebut.
Konflik internal PBNU ini mengemuka setelah hasil rapat harian jajaran Syuriah yang meminta Yahya mengundurkan diri dari jabatan Ketua Umum PBNU dalam waktu tiga hari sejak diterimanya keputusan rapat itu. Alasan pemakzulan Yahya berhubungan dengan kegiatan Akademi Kepemimpinan Nasional Nahdlatul Ulama yang menghadirkan akademikus pro-Israel, Peter Berkowitz. Kedua, mengenai tata kelola keuangan di PBNU, berhubungan dengan adanya dugaan aliran uang sebesar Rp 100 miliar dari Mardani H. Maming.
Empat hari berselang, Syuriyah betul-betul memecat Yahya Staquf dari jabatan Ketua Umum PBNU terhitung mulai 26 November 2026. Tapi, Yahya melawan pemakzulan ini. Ia menegaskan tak akan mundur dari jabatan Ketua Umum. Ia juga menilai proses pemakzulan itu bertentangan dengan konstitusi di PBNU. Sebaliknya, Yahya justru mencopot Syaifullah Yusuf dari jabatan Sekretaris Jenderal PBNU.