Pemerintah akan menanggung sebagian biaya operasional Kereta Cepat Whoosh melalui skema public service obligation (PSO) yang bersumber dari APBN. Hal ini merupakan implementasi undang-undang yang menetapkan layanan transportasi massal sebagai tanggung jawab negara.
Pemberian PSO bertujuan untuk membayar selisih biaya agar tarif layanan publik menjadi lebih terjangkau bagi masyarakat. Skema serupa telah diterapkan pada moda transportasi lain seperti KRL Jabodetabek dan Transjakarta. Selain itu, pemerintah juga tengah mencari skema penyelesaian utang Kereta Cepat Whoosh. Badan Pengelola Investasi Daya Anagata Nusantara (Danatara) menjadi salah satu opsi untuk merapikan struktur pembiayaan proyek tersebut.