Menteri Hukum (Menkum) Supratman Andi Agtas menegaskan bahwa keberadaan penyidik TNI dalam RUU KKS semata-mata ditujukan untuk menangani kasus pidana yang melibatkan anggota militer. Supratman juga menegaskan, penyusunan RUU ini tidak dilakukan oleh Kementerian Hukum saja, melainkan melalui pembahasan bersama sejumlah kementerian dan lembaga terkait.
Kepala Pusat Penerangan (Kapuspen) TNI Mayjen TNI (Mar) Freddy Ardianzah menegaskan bahwa peran TNI dalam RUU KKS hanya sebatas menjaga kedaulatan dan pertahanan ruang siber nasional, bukan menegakkan hukum terhadap masyarakat sipil. Freddy menambahkan, TNI tidak memiliki kewenangan untuk melakukan penyidikan terhadap warga sipil sebagaimana dikhawatirkan sejumlah pihak.
Koalisi sipil mengkhawatirkan bahwa pelibatan TNI dalam RUU KKS akan melemahkan supremasi sipil. Mereka menilai, penegakan hukum pidana seharusnya menjadi ranah lembaga sipil seperti kepolisian dan kejaksaan, bukan militer. Koalisi juga menilai, jika pasal tersebut tetap dipertahankan, hal itu bisa membuka ruang bagi praktik militerisasi di ruang siber.