Setidaknya sudah tiga kali reshuffle dilakukan Presiden Prabowo Subianto di masa pemerintahannya yang belum genap satu tahun. Satu kali reshuffle karena insiden menteri mundur dan dua kali gelombang reshuffle dilakukan menjelang satu tahun pemerintahannya. Penggantian menteri pertama kali dilakukan Presiden Prabowo di posisi Menteri Pendidikan Tinggi, Sains, dan Teknologi setelah sang menteri, Satryo Brodjonegoro, mendapat tekanan publik, terutama di kalangan internal pegawai kementeriannya. Kasus pengunduran diri menteri di era Presiden Prabowo ini tercatat terjadi paling cepat di awal pemerintahannya jika dibandingkan di era pemerintahan Presiden Susilo Bambang Yudhoyono (SBY) dan Presiden Joko Widodo.
Pada gelombang pertama reshuffle, Presiden Prabowo mengumumkan dan melantik memberhentikan lima menteri pada Senin, 8 September 2025. Namun, hanya tiga menteri yang sekaligus diumumkan penggantinya dan dilantik di hari yang sama. Dalam reshuffle gelombang pertama September ini juga meresmikan pembentukan Kementerian Haji dan Umrah, dengan melantik Kepala dan Wakil Kepala Badan Penyelenggara Haji sebagai Menteri dan Wakil Menteri Haji dan Umrah. Pada gelombang kedua pergantian menteri pada tanggal 17 September 2025, posisi Menteri Pemuda dan Olahraga akhirnya dijabat oleh Erick Thohir, dan posisi Menko Politik dan Keamanan juga sudah definitif dengan dilantiknya mantan Kepala Staf Umum TNI 2000-2004, Djamari Chaniago. Gelombang kedua reshuffle September juga diikuti dengan pergantian jabatan lainnya, yakni tiga wakil menteri, di antaranya Wakil Menteri Koperasi, Wakil Menteri Ketenagakerjaan, dan Wakil Menteri Kehutanan; Dua Wakil Kepala Badan Gizi Nasional (BGN); Kepala Badan Komunikasi Pemerintah yang sebel
Jika mengacu pergantian menteri, terutama di dua gelombang reshuffle pada September ini, posisi kader-kader Partai Gerindra sebagai partai politik penguasa makin menunjukkan peneguhannya. Kepala Departemen Politik dan Perubahan CSIS Arya Fernandes melihat reshuffle kebinet ini juga menjadi momen bagi Presiden Prabowo melakukan penyeimbangan kekuatan politik di koalisi. Gaya reshuffle dengan model gelombang yang bertahap ala Presiden Prabowo ini juga tak lepas dari upaya Presiden untuk menunjukkan pada publik bahwa Presiden adalah pemegang otoritas penuh pemerintahan.