Presiden PKS Ahmad Syaikhu memberikan sinyal dukungan PKS untuk Prabowo di Pilpres 2029 (28/4/2025). Akan tetapi, di puncak peringatan Milad Ke-23 PKS, Rabu (30/4/2025), Ahmad Syaikhu meluruskan bahwa sinyal dukungan tersebut lebih merujuk pada kelanjutan program pemerintahan Prabowo. Ia menegaskan, keputusan resmi terkait dukungan PKS pada Pilpres 2029 tetap berada di tangan Majelis Syuro PKS.
Wakil Ketua Majelis Syuro PKS Sohibul Iman, mengatakan dirinya tidak pernah mendengar dari Presiden PKS soal adanya pernyataan dukungan PKS terhadap Prabowo untuk Pilpres 2029 (1/5/2025). Sohibul lantas menyampaikan, setiap individu pimpinan ataupun anggota PKS berhak memiliki dan menyampaikan aspirasi terkait hal itu. Kalaupun benar Syaikhu menyampaikan hal tersebut, tentu itu masih dalam kapasitas aspirasi pribadi, bukan sikap PKS secara kelembagaan.
Peneliti senior dari Pusat Riset Politik Badan Riset dan Inovasi Nasional (BRIN), Lili Romli, menilai, klarifikasi PKS terkait dukungan terhadap Prabowo bukan semata-mata karena kehati-hatian, melainkan mungkin bisa jadi cermin adanya pro-kontra di internal partai.