Pemerintah mengeklaim tidak menemukan penyalahgunaan data pribadi pada aplikasi PeduliLindungi. Direktur Jenderal Informasi dan Komunikasi Publik (IKP) Kementerian Komunikasi dan Informatika (Kemekominfo) Usman Kansong mengaku pengawasan pada data yang dikelola Kementerian Kesehatan (Kemenkes) dari PeduliLindungi berjalan baik. Menurutnya, pengelolaan data PeduliLindungi oleh Kemenkes menjadi prioritas dengan sistem keamanan berlapis. Mulai dari adanya persetujuan di awal penggunaan, perlindungan di tingkat aplikasi, hingga di tingkat pusat datanya.
Kemenkominfo menegaskan tuduhan Kementerian Luar Negeri Amerika Serikat dalam Laporan Praktik Hak Asasi Manusia (HAM) yang menyebut aplikasi PeduliLindung melanggar HAM tidak berdasar. Sebelumnya, laporan berjudul 2021 Country Reports on Human Rights Practices itu menyebut aplikasi PeduliLindungi melanggar HAM, terutama terkait dengan privasi data penduduk. Kemenkominfo terus melakukan sistem pengawasan terhadap penyelenggara sistem elektronik di Indonesia, termasuk PeduliLindungi. Jika terdapat kebocoran data maupun penyalahgunaan data akan ditindaklanjuti. Misalnya, isu penggunaan data pribadi yang disalahgunakan untuk sertifikat Presiden Joko Widodo pada 2020.
Menteri Koordinator Bidang Politik, Hukum, dan Keamanan (Menko Polhukam) Mahfud MD menyebut, PeduliLindungi justru dibuat untuk melindungi masyarakat. “Kita membuat program PeduliLindungi justru untuk melindungi rakyat. Nyatanya kita berhasil mengatasi Covid-19 lebih baik dari Amerika Serikat (AS),” kata Mahfud, Jumat (15/4). Mahfud menjelaskan, melindungi HAM bukan hanya menyangkut HAM individual saja, tapi juga HAM komunal-sosial. Dalam konteks ini, lanjutnya, negara harus berperan aktif mengatur. “Itulah sebabnya kita membuat program PeduliLindungi yang sangat efektif menurunkan penularan infeksi Covid-19 sampai ke delta dan omicron,” ujarnya.