Analisis Politik dan Isu Intelijen, Boni Hargens mengapresiasi sikap Kapolri Jenderal Listyo Sigit Prabowo yang menolak usulan penempatan Polri di bawah kementerian. Menurut Boni, sikap tegas Listyo tersebut bukan sekadar resistensi institusional, melainkan mencerminkan kenegarawanan yang diperlukan dalam menjaga arsitektur demokrasi Indonesia.
Boni menegaskan perdebatan tersebut bukan semata-mata persoalan teknis administratif, melainkan menyangkut filosofi dasar penyelenggaraan negara. Menurut dia, kemandirian Polri dari intervensi politik praktis menjadi jaminan bahwa hukum dapat ditegakkan secara adil tanpa diskriminasi berdasarkan afiliasi politik atau kepentingan kekuasaan sesaat. Boni juga mengingatkan kembali konsep trias politika sebagai kerangka dasar bangunan demokrasi Indonesia. Dalam sistem ini, terdapat tiga pilar kekuasaan yang secara setara menjalankan mandat yang dipercayakan rakyat, yakni legislatif sebagai pembuat undang-undang, yudikatif sebagai penegak keadilan, dan eksekutif sebagai pelaksana pemerintahan.
Ia mengatakan Polri sebagai institusi penegak hukum memiliki karakteristik unik yang tidak dapat disamakan dengan lembaga eksekutif biasa. Fungsi penegakan hukum memerlukan independensi dari tekanan politik agar dapat menjalankan tugasnya secara objektif. Lebih lanjut, Boni mengatakan UUD 1945 dan UU Nomor 2 Tahun 2002 tentang Polri dengan tegas mengatur bahwa Polri berada di bawah Presiden dalam kapasitasnya sebagai kepala negara, bukan sebagai kepala eksekutif. Menurut Boni, perbedaan tersebut sangat prinsipil dan bukan sekadar permainan semantik.