Komisi Nasional Hak Asasi Manusia (Komnas HAM) memberikan banyak catatan terkait pelaksanan program Makan Bergizi Gratis (MBG). Banyaknya catatan yang diberikan itu pun dinilai mengindikasikan adanya dugaan pelanggaran HAM dalam program unggul pemerintahan Presiden Prabowo Subianto tersebut. Salah satu temuan utama Komnas HAM adalah cakupan penerima manfaat MBG yang dinilai terlalu luas. Menurut Komnas HAM, pelaksanaan MBG secara serentak kepada seluruh peserta didik dan kelompok rentan berisiko membuat program tidak tepat sasaran.
Komnas HAM juga menyoroti terlalu luasnya peran Badan Gizi Nasional (BGN) dalam penyelenggaraan program tersebut. Saat ini BGN menjalankan fungsi regulator sekaligus pelaksana program sehingga pengawasan belum berjalan optimal. Selain itu, ditemukan ketidakjelasan pembagian kewenangan antarinstansi serta lemahnya koordinasi antara BGN dengan pemerintah daerah maupun kementerian dan lembaga terkait.
Temuan berikutnya menunjukkan pelaksanaan MBG belum berorientasi pada pemenuhan gizi. Komnas HAM menilai program masih berfokus pada jumlah penerima manfaat dibanding kualitas asupan yang diterima. Komnas HAM juga mencatat belum optimalnya penerapan standar gizi berdasarkan angka kecukupan gizi (AKG), belum adanya standar informasi kandungan gizi pada setiap menu, serta belum optimalnya penggunaan bahan pangan lokal dalam penyediaan makanan.