Presiden RI Prabowo Subianto telah memberikan instruksi kepada Menteri Koordinator Bidang Infrastruktur dan Pembangunan Kewilayahan, Agus Harimurti Yudhoyono (AHY), untuk mengawal keberlanjutan proyek Kereta Cepat Jakarta-Surabaya. AHY menyampaikan rencana ini masih dalam tahap studi mendalam. Pemerintah ingin memastikan seluruh aspek teknis, pembiayaan, dan lahan terencana dengan matang. Termasuk belajar dari pengalaman pembangunan Kereta Cepat Jakarta–Bandung yang merupakan hasil kerja sama Indonesia-China.
Ia menambahkan, komunikasi untuk proyek ini dibuka seluas-luasnya dengan berbagai pihak di dalam maupun luar negeri yang memiliki ketertarikan dan kemampuan. Meski demikian, AHY mengakui pembangunan jalur kereta cepat hingga Surabaya tetap akan menghadapi tantangan besar, mulai dari persoalan lahan hingga koordinasi lintas kementerian/lembaga (K/L) dan pemerintah daerah.