Koordinasi antara Kementerian Pendidikan Dasar dan Menengah (Mendikdasmen) dan Kementerian Keuangan telah direncanakan sebagai tindak lanjut dari putusan Mahkamah Konstitusi (MK) Nomor 3/PUU-XXIII/2025 yang mewajibkan pembiayaan pendidikan dasar di sekolah negeri maupun swasta. Dampak dari putusan ini menuntut adanya penyesuaian alokasi anggaran yang kemungkinan besar akan memerlukan perubahan anggaran di tengah tahun berjalan. Pelaksanaan kebijakan ini dipandang belum dapat dipastikan untuk tahun ajaran 2025–2026, karena masih menunggu arahan dari Presiden serta persetujuan dari DPR. Dalam tahap awal, perhatian pemerintah difokuskan pada pemahaman substansi putusan MK sebelum menentukan langkah pelaksanaan.
Usulan penerapan kebijakan secara bertahap telah disampaikan oleh DPR, dengan fokus awal diarahkan pada sekolah swasta di daerah tertinggal, terdepan, dan terluar (3T). Sekolah-sekolah tersebut, khususnya yang berada di bawah pengelolaan organisasi keagamaan, dianggap membutuhkan sokongan dana operasional apabila kebijakan pendidikan gratis mulai diberlakukan. Penerapan tahap awal ini dinilai sebagai bentuk prioritas untuk membantu institusi yang paling terdampak secara ekonomi. Evaluasi berkala terhadap hasil pelaksanaan fase pertama kemudian direncanakan sebagai dasar pengembangan kebijakan jangka panjang yang mencakup sekolah-sekolah lain.
