Wakil Ketua MPR RI, Hidayat Nur Wahid mendukung penolakan terkait hilangnya frasa madrasah dalam draf Revisi UU Sisdiknas. Penolakan hilangnya frasa madrasah ini sudah disampaikan sejumlah stakeholders pendidikan nasional beberapa waktu lalu. Stakeholder pendidikan tersebut tergabung di dalam Aliansi Penyelenggara Pendidikan Indonesia (APPI) yang terdiri dari Majelis Dikdasmen PP Muhammadiyah, Majelis Pendidikan Kristen (MPK) di Indonesia, Majelis Nasional Pendidikan Katolik (MNPK), Pengurus Besar Persatuan Guru Republik Indonesia (PGRI), Persatuan Tamansiswa, dan Himpunan Sekolah dan Madrasah Islam Nusantara (HISMINU).
Anggota Komisi VIII DPR RI yang membidangi masalah Agama tersebut mengingatkan Kemendikbudristek untuk memahami konstitusi secara benar. Pasalnya, lanjut dia, UUD 1945 telah secara eksplisit menyebutkan tujuan pendidikan nasional yang sangat terkait dengan agama, dan terminologi keagamaan, serta pentingnya satuan pendidikan keagamaan seperti madrasah dalam kontribusinya yang panjang terhadap pendidikan nasional. Kemendikbudristek melalui RUU Sisdiknasnya memayungi, mengakui dan mengembangkan seluruh bentuk satuan pendidikan yang diakui, sudah berkembang dan secara merdeka diterima dan diakui oleh masyarakat dan negara.
Hidayat Nur Wahid melihat pendanaan madrasah yang bersumber dari APBN tertinggal jauh dari sekolah yang mendapatkan alokasi dari APBN dan APBD menjadi salah satu masalah yang seharusnya diselesaikan melalui Revisi UU Sisdiknas terbaru dan bukannya malah menghapus madrasah. Wakil Ketua Majelis Syura PKS tersebut menganggap tidak disebutkannya madrasah merupakan langkah mundur ke tahun 1989, kembali ke masa Orba, di mana dalam UU Sisdiknas waktu itu (UU Nomor 2/1989) madrasah bukan merupakan bagian dari satuan pendidikan nasional. Namun, di era reformasi, masalah tersebut sudah dikoreksi dengan hadirnya UU Sisdiknas No. 20 Tahun 2003, di mana madrasah disebutkan sebagai bagian pendidikan formal. Apabila memang ada Revisi UU Sisdiknas, maka menurutnya itu dalam rangka menghadirkan keadilan dan posisi yang seimbang antara madrasah dan sekolah, bukan justru menghapus madrasah sebagai satuan pendidikan formal yang diakui oleh negara.