Wakil Ketua MPR RI Hidayat Nur Wahid mendukung segera dibentuknya Direktorat Jenderal (Ditjen) Pondok Pesantren di Kementerian Agama. Ini untuk memajukan pendidikan santri di Tanah Air. Dia menjelaskan terbentuknya Ditjen Pondok Pesantren agar pengelolaan pesantren dapat dilaksanakan lebih fokus, lebih baik. Serta lebih sesuai dengan semangat sudah disahkannya Undang-Undang Pesantren. Menurut dia, jumlah pesantren periode 2022-2023 berdasarkan data Kemenag ada 39.043 pesantren. Tentu dengan total jumlah santri sebanyak 4,08 juta.
Dia mengatakan pembentukan Ditjen Pondok Pesantren sudah diusulkan oleh Menteri Agama sejak tahun 2021 dan sudah mendapatkan dukungan dari PBNU. Tidak hanya itu, kata dia, usulan meningkatkan status menjadi Direktorat Jenderal Pesantren juga ia dukung secara terbuka. Hidayat mengatakan bahwa saat ini pesantren ditangani oleh sebuah Direktorat Diniyah dan Pesantren yang berada di Direktorat Jenderal Pendidikan Islam (Ditjen Pendis) Kemenag. Menurut dia, apabila pesantren dinaikkan levelnya ke level Ditjen, maka Ditjen Pendis dapat lebih fokus menangani pendidikan agama Islam selain pesantren, seperti madrasah, perguruan tinggi Islam atau pendidikan agama Islam di luar pesantren.
Selain jumlah pesantren dan santri yang sangat besar, Hidayat menilai kelayakan pesantren diurus oleh eselon satu (direktur jenderal). Sebab didukung regulasi yang membahas secara spesifik mengenai pesantren. Regulasi tersebut adalah Undang-Undang Nomor 18 Tahun 2019 tentang Pesantren dan Peraturan Presiden Nomor 82 Tahun 2021. Tentang Pendanaan Penyelenggaraan Pesantren yang salah satunya mengatur dana abadi pesantren.