Semua jenjang pendidikan yang ada di Mahad Al-Zaytun Indramayu dipastikan menerapkan kurikulum dari Kementerian Agama (Kemenag). Kualitas pendidikan di pondok pesantren itupun dinilai bagus dan layak untuk ditularkan kepada yang lainnya. Adapun jenjang pendidikan yang berada di bawah binaan Kemenag itu terdiri dari Madrasah Ibtidaiyah (MI), Madrasah Tsanawiyah (MTs), Madrasah Aliyah (MA) maupun pondok pesantren.
Hal itu disampaikan Kasubag TU Kantor Kemenag Kabupaten Indramayu, Aan Fathul Anwar. Dia menyatakan, pihaknya selama ini melakukan pembinaan dan pengawasan terhadap semua jenjang pendidikan yang ada di Mahad Al-Zaytun. Aan mengatakan pihak Mahad Al-Zaytun memiliki rencana pelaksanaan pembelajaran (RPP) dan dokumen kurikulum. Setiap tahun, RPP dan dokumen itu ditandatangani oleh Kemenag Indramayu untuk MI dan MTs. Sedangkan untuk MA, kewenangannya di Kemenag provinsi.
Aan menambahkan dengan kualitasnya yang bagus, Mahad Al-Zaytun sebenarnya memberikan banyak kontribusi terhadap peningkatan mutu pembelajaran. Dia bahkan pernah meminta kepada pihak Mahad Al-Zaytun untuk menularkan kualitasnya yang bagus itu ke lembaga pendidikan lainnya.
