Ketua Komite Nasional Keselamatan Transportasi (KNKT) Soejanto Tjahjono menyebutkan ada tiga tahapan investigasi untuk mengungkap penyebab pasti tenggelamnya KMP Tunu Pratama Jaya di Selat Bali, pada Rabu, 2 Juli 2025. Dalam investigasi pada fase pertama yang dilakukan lembaga non-struktural itu, lanjut Soejanto Tjahjono, selain mewawancarai penumpang dan kru selamat juga berdiskusi dengan pihak perusahaan pelayaran.
Selain itu, kata dia, petugas KNKT juga melakukan investigasi terhadap operator Pelabuhan Ketapang Banyuwangi, dan bahkan KNKT sudah mendapatkan video saat KMP Tunu Pratama Jaya menata angkutan kendaraan sebelum bertolak dari Pelabuhan Ketapang menuju Pelabuhan Gilimanuk (Bali). Informasi yang diterima KNKT dari hasil investigasi, kata dia, juga mendapatkan ada faktor gelombang cukup besar pada saat tragedi tenggelamnya KMP Tunu.
Soejanto Tjahjono menambahkan, untuk tahapan selanjutnya adalah menganalisa, lalu fase temuan dan kesimpulan serta rekomendasi. KMP Tunu Pratama Jaya yang mengangkut 53 penumpang dan 12 ABK/kru dan 22 unit kendaraan itu tenggelam setelah sekitar 30 menit bertolak dari Pelabuhan Ketapang menuju Pelabuhan Gilimanuk. Sampai dengan Selasa (8/7) malam, korban ditemukan selamat 30 orang, 10 orang korban ditemukan meninggal dan 25 korban masih dinyatakan hilang dan dalam pencarian.