Tim Penasihat Hukum Nadiem Anwar Makarim mengajukan permohonan praperadilan di Pengadilan Negeri Jakarta Selatan pada 23 September 2025. Gugatan praperadilan tersebut teregister dengan nomor 119/Pid.Pra/2025/PN.Jaksel. Kuasa Hukum Nadiem, Dodi S Abdulkadir memaparkan sejumlah alasan yang membuat penetapan tersangka terhadap Nadiem tidak sah dan tidak mengikat secara hukum. Pertama, penetapan tersangka tidak disertai hasil audit perhitungan kerugian keuangan negara yang bersifat nyata (actual loss) oleh Badan Pemeriksa Keuangan (BPK) atau Badan Pengawasan Keuangan dan Pembangunan (BPKP).
Alasan berikutnya, BPKP dan inspektorat telah melakukan audit Program Bantuan Peralatan Teknologi Informasi dan Komunikasi (TIK) 2020-2022. Dari audit itu, tidak ditemukan indikasi kerugian keuangan negara akibat perbuatan melawan hukum oleh Nadiem. Hasil ini diperkuat dengan Laporan Keuangan Kemendikbud Ristek 2019-2022 yang memberikan status/opini Wajar Tanpa Pengecualian (WTP).
Alasan ketiga, lanjutnya, penetapan tersangka dianggap cacat hukum karena dilakukan tanpa minimal dua bukti permulaan yang disertai pemeriksaan calon tersangka sebagaimana disyaratkan Pasal 184 KUHAP jo. Putusan MK No. 21/PUU-XII/2014. Keempat, Surat Pemberitahuan Dimulainya Penyidikan (SPDP) tidak pernah diterbitkan dan/atau Nadiem hingga saat ini tidak pernah menerimanya. Hal ini melanggar Pasal 109 KUHAP jo. Putusan MK No. 130/PUU-XIII/2015, menghilangkan fungsi pengawasan penuntut umum, dan membuka peluang penyidikan sewenang-wenang. Kelima, Program Digitalisasi Pendidikan 2019-2022 yang dijadikan dasar penetapan tersangka Nadiem sesuai Surat Penetapan Tersangka Nomor TAP-63/F.2/Fd.2/09/2025 tertanggal 4 September 2025 bukan nomenklatur resmi dan tidak pernah ada dalam Rencana Pembangunan Jangka Menengah Nasional (RPJMN) 2020-2024 maupun kebijakan resmi Kemendikbud Ristek.