Badan Pemeriksa Keuangan (BPK) menemukan sejumlah masalah dalam pembangunan Ibu Kota Negara (IKN) Nusantara. Temuan tersebut tertuang dalam Ikhtisar Hasil Pemeriksaan (IHP) Semester II Tahun 2023. Salah satu temuannya adalah persiapan pembangunan infrastruktur belum memadai, di antaranya terkait lahan pembangunan infrastruktur IKN yang masih terkendala. Temuan BPK menemukan 2.085,62 ha (hektar) dari 36.150 ha tanah IKN masih dalam penguasaan pihak lain, selain itu proses sertifikasi atas 5 area hasil pengadaan tanah belum selesai.
Masalah lainnya adalah pelaksanaan manajemen rantai pasok dan peralatan konstruksi untuk pembangunan infrastruktur IKN tahap I belum optimal, di antaranya kurangnya pasokan material dan peralatan konstruksi untuk pembangunan IKN dan harga pasar material batu split dan sewa kapal tongkang tidak sepenuhnya terkendali. Kemudian, pelabuhan bongkar muat untuk melayani pembangunan IKN belum dipersiapkan secara menyeluruh, serta kurangnya pasokan air untuk pengolahan beton. Terdapat juga temuan BPK yang menyatakan bahwa Kementerian Pekerjaan Umum dan Perumahan Rakyat (PUPR) belum sepenuhnya memiliki rancangan serah terima aset, rencana alokasi anggaran operasional, serta mekanisme pemeliharaan dan pengelolaan aset dari hasil pembangunan infrastruktur IKN tahap I.
Atas permasalahan tersebut, BPK merekomendasikan kepada Menteri PUPR Basuki Hadimuljono agar menginstruksikan Direktur Jenderal unit organisasi terkait dan Kepala Badan Pengembangan Infrastruktur Wilayah (BPIW) untuk melakukan sinkronisasi penyusunan Renstra Kementerian PUPR dan Renstra Eselon I dengan berpedoman pada RPJMN periode selanjutnya. Kemudian, BPK juga merekomendasikan Kementerian PUPR meningkatkan koordinasi antara pihak atau instansi terkait, terutama dalam hal sinkronisasi peraturan dan kebijakan pengadaan tanah bagi kepentingan umum, termasuk merumuskan solusi dan rencana aksi percepatan dalam proses pembebasan lahan.