Hilirisasi nikel telah mengakibatkan deforestasi hutan yang tak terkendali. Setidaknya 203.597 hektare hutan rusak akibat penambangan nikel untuk hilirisasi. Hal itu terungkap dalam kajian Forum Studi Halmahera atau Foshal Maluku Utara, Wahana Lingkungan Hidup (Walhi) Maluku Utara, Trend Asia, dan YLBHI. Kepala Divisi Advokasi dan Kampanye Foshal Maluku Utara, Julfikar Sangaji, mengatakan hilirisasi nikel secara langsung mengakibatkan deforestasi hutan yang tak terkendali dilakukan oleh perusahaan penambangan bijih nikel. Pasalnya, penambangan bijih nikel didahului dengan aktivitas land clearing atau pembersihan area.
Saat ini Izin Usaha Pertambangan (IUP) Nikel di Halmahera Timur terdapat 19 IUP dengan total luas konsesinya sebesar 101.047,21 hektar, sedangkan di Halmahera Tengah ada 13 izin dengan luas total konsesi 10.390 hektar. Sementara di Halmahera Selatan ada 15 izin dengan total luas konsesi sebesar 32.236 hektar. Untuk IUP nikel yang mencaplok dua kawasan administratif sekaligus yakni wilayah Halmahera Timur dan Halmahera Tengah sebanyak 4 izin dengan luas total konsesi sebesar 70.287 hektar. Dengan demikian 203.597 hektare hutan di Halmahera rusak akibat penambangan tersebut.
Kehilangan tutupan hutan, dominan terjadi pada wilayah operasional penambangan bijih nikel. Data analisis spasial Global Forest Watch menunjukkan sejak 2001 hingga 2022, Halmahera Tengah kehilangan sudah 26.1 ribu hektar tutupan pohon. Angka tersebut setara dengan penurunan 12 persen tutupan pohon sejak 2000, dan setara dengan 20.9 Megaton (Mt) emisi ekuivalen karbon dioksida (CO2e). Sementara untuk di Halmahera Timur, telah kehilangan 56.3 ribu hektar tutupan pohon sejak 2001 hingga 2022. Angka tersebut setara dengan penurunan 8.9 persen tutupan pohon sejak 2000, dan setara dengan 44.5 Megaton (Mt) emisi ekuivalen karbon dioksida (CO2e). Begiu pula di Halmahera Selatan sudah kehilangan 79.0 ribu hektar tutupan pohon sejak 2001 hingga 2022. Angka tersebut setara dengan penurunan 9.9 persen tutupan pohon sejak tahun 2000, dan setara dengan 62.9 Megaton (Mt) emisi ekuivalen karbon dioksida (CO2e).