Menteri Koordinator Bidang Politik, Hukum, dan Keamanan (Menko Polhukam) Mahfud MD menyebut, Panji Gumilang dan Pesantren Al Zaytun merupakan rentetan dari gerakan Darul Islam dan NII yang dicetuskan Kartosoewirjo. Mahfud MD mengatakan, di awal kemerdekaan Indonesia, banyak pejuang dari kalangan Islam yang terpinggirkan dan tak tertampung dalam tata kelola pemerintahan. Hal itu merupakan imbas dari politik pendidikan yang diwariskan pemerintah Hindia Belanda yang cenderung diskriminatif. Dimana hanya kalangan Islam yang punya ijazah lah yang bisa masuk ke pemerintahan.
Mahfud menjelaskan, pemikiran Kartosoewirjo yang sempat diberantas, ternyata dilanjutkan oleh penerusnya, sampai akhirnya diketahui pemerintah. NII bikinan Kartosoewirjo yang seolah sudah tamat itu kemudian dioperasi kembali oleh intelijen pemerintah pada sekitar 1970-an. Setelah mengetahui NII sebenarnya masih hidup, akhirnya pemerintah menggalang gerakan untuk melemahkan NII dengan cara dipecah dan diadu domba.
NII hasil operasi dan bentukan pemerintah waktu itu salah satu wilayahnya adalah Komandemen 9, yang sekarang menjadi Al Zaytun. “Kemudian sesudah merasa nyaman dengan pemerintah, merasa aman, kemudian Panji Gumilang ini memecahkan diri. Menampilkan sosok Al Zaytun yang seperti sekarang,” ujarnya.
