Menko Polhukam RI Prof Mahfud MD menyebut bahwa Panji Gumilang dan Pesantren Al Zaytun merupakan rentetan dari gerakan Darul Islam dan NII yang dicetuskan oleh Kartosoewirjo. Dijelaskan oleh Mahfud, NII merupakan organisasi tanpa bentuk, gerakan bawah tanah, tetapi NII memiliki struktur yang terdiri dari syekh yang memimpin, gubernur, menteri, bupati, hingga camat.
Pemikiran Kartosoewirjo yang dilanjutkan oleh penerusnya itu akhirnya diketahui oleh pemerintah. NII bikinan Kartosoewirjo yang seolah sudah tamat itu kemudian dioperasikan kembali oleh intelijen. Pemerintah mengetahui bahwa NII itu sebenarnya masih hidup meski sudah ditumpas di berbagai tempat. Akhirnya pemerintah menggalang gerakan untuk melemahkan NII dengan cara dipecah dan diadu, NII versus NII. Lebih lanjut, Mahfud membeberkan, NII hasil operasi dan bentukan pemerintah waktu itu salah satu wilayahnya adalah Komandemen 9, yang sekarang menjadi Al Zaytun. Kemudian sesudah merasa nyaman dengan pemerintah, merasa aman, Panji Gumilang ini memecahkan diri. Ia menampilkan sosok Al Zaytun yang seperti sekarang.
Pengamat terorisme, Al Chaidar, pun sepakat bahwa NII Panji Gumilang adalah produk intelijen. Ia mengatakan untuk menangani orang-orang yang anti terhadap Pancasila, pemerintah Orde Baru berupaya untuk mengumpulkan mereka yakni memiliki ide-ide mendirikan negara Islam. Namun demikian, program defeksi yang dikembangkan pemerintah justru menjadi berlebihan.
