Juru Bicara Kementerian Kesehatan (Kemenkes) Mohammad Syahril mengatakan, dalam RUU Kesehatan yang baru, BPJS Kesehatan masih sebagai badan hukum publik. BPJS, lanjut dia, masih akan bertanggung jawab kepada Presiden, namun melalui menteri kesehatan. Dia menjelaskan, hal itu, tercantum dalam RUU Kesehatan Pasal 425 Bab XIII. Karena itu, menanggapi berbagai protes oleh banyak pihak terkait keberadaan BPJS Kesehatan di bawah Menteri Kesehatan, dia membantahnya.
Sementara itu, Direktur Utama BPJS Kesehatan Ali Ghufron mengatakan, pihaknya menginginkan agar BPJS Kesehatan tetap berada langsung di bawah Presiden. Pasalnya, BPJS Kesehatan disebut dia membutuhkan independensi. Dia mengatakan, komunikasi dengan Kemenkes sejauh ini juga berjalan dengan baik. Ihwal ada perbaikan lebih lanjut dengan adanya RUU Kesehatan, dia tak menjawabnya. Menurut Ghufron, independensi BPJS Kesehatan akan berkurang jika berada di lingkup Kemenkes.
Terpisah, Koordinator Advokasi BPJS Watch Timboel Siregar mengatakan, dengan adanya kemungkinan RUU Kesehatan disahkan, akan mempersulit posisi dari BPJS Kesehatan. Menurutnya, BPJS Kesehatan yang akan berada di bawah Kementerian Kesehatan, terkesan hanya mengikuti arahan ihwal memberi pandangan sejajar dengan dewan pengawas atau kementerian terkait. Dia menambahkan, menarik partisipasi lebih dari masyarakat memang memerlukan kerja sama dengan lembaga dan institusi lain di samping BPJS Kesehatan. Menurut dia, posisi BPJS harus dibantu dengan independensi langsung ke presiden. Timboel menjelaskan, memang ada relevansi penggabungan sesuai aturan yang ada, termasuk bagi pelayanan kesehatan dalam transformasinya. Namun demikian, dia meminta tidak ada tumpang tindih institusi yang membawahi BPJS karena dikhawatirkan adanya konflik kepentingan.