Komisioner Komnas HAM Bidang Pemantauan dan Penyelidikan, Choirul Anam mengkritik usul penyelesaian pelanggaran HAM berat tahun 1998 secara nonyudisial alias di luar peradilan, sebagaimana dikemukakan Kepala Kantor Staf Presiden RI Moeldoko. “Sampai saat ini, penyelesaian pelanggaran HAM berat, mau yang di bawah tahun 2000 maupun tidak, mekanismenya satu-satunya hanya Undang-undang Nomor 26 (Tahun 2000, tentang Pengadilan HAM). Tidak ada mekanisme lain,” tegasnya.
Undang-undang Nomor 26 Tahun 2000 tentang Pengadilan HAM mengatur bahwa penyelesaian kasus pelanggaran HAM berat dibagi menjadi 2, yakni penyelesaian kasus yang terjadi sebelum 2000 dan setelah 2000. Kasus-kasus yang terjadi sebelum 2000 diselesaikan lewat pengadilan HAM ad hoc, sebagaimana tercantum dalam Bab VIII undang-undang itu. Pengadilan HAM ad hoc ini ditetapkan Presiden atas usul DPR. Rekomendasi DPR itu berdasarkan penyidikan Kejaksaan Agung, yang menindaklanjuti hasil penyelidikan Komnas HAM sebagai lembaga yang berwenang menentukan ada atau tidaknya pelanggaran HAM berat.
Anam menyebutkan, penyelesaian kasus pelanggaran HAM berat, termasuk kasus 1998 seperti Tragedi Trisakti dan Semanggi I, bukan hanya penting untuk memenuhi keadilan bagi korban dan keluarga korban, melainkan juga bagi warga negara secara keseluruhan. Oleh karenanya, pemangku kepentingan tidak bisa berlindung di balik bantuan-bantuan yang diberikan bagi korban dan keluarga korban pelanggaran HAM berat. Sebelumnya, Kementerian Koordinator Bidang Perekonomian, misalnya, memberi bantuan uang dan rumah senilai Rp 750 juta kepada keluarga korban Tragedi Trisakti.