Pemerintah sebelumnya menyatakan bahwa program Makan Bergizi Gratis (MBG) tidak akan mengurangi anggaran pendidikan. Namun, dalam APBN 2026, dari total anggaran MBG sebesar Rp335 triliun, sebanyak Rp223,6 triliun berasal dari porsi anggaran pendidikan atau sekitar 30 persen dari total anggaran pendidikan yang mencapai Rp769 triliun. Untuk 2027, Badan Gizi Nasional (BGN) kembali mengusulkan alokasi dana MBG sebesar Rp224,6 triliun dari anggaran pendidikan. Hingga kini, BGN maupun DPR belum menjelaskan alasan penggunaan dana pendidikan tersebut dan mengarahkan pertanyaan kepada Kementerian Keuangan.
Sejumlah organisasi masyarakat sipil, seperti Jaringan Pemantau Pendidikan Indonesia, Perhimpunan Pendidikan dan Guru, serta MBG Watch, menilai penggunaan anggaran pendidikan untuk MBG tidak sesuai dengan ketentuan Undang-Undang Sistem Pendidikan Nasional. Dalam laporan Tempo juga diungkapkan bahwa sebagian anggaran MBG 2027 akan digunakan untuk membayar gaji dan tunjangan sebesar Rp7,1 triliun. Nilai tersebut setara dengan sekitar sepertiga anggaran gaji sekitar 1,5 juta guru dalam APBN 2026 yang mencapai Rp21,4 triliun, sehingga memunculkan kritik terkait prioritas dan penggunaan dana pendidikan.