Kementerian Kesehatan (Kemenkes) mengingatkan kewaspadaan terhadap meningkatnya risiko penyakit menular di lokasi pengungsian. Hal ini juga diperkuat dengan munculnya kasus superflu di beberapa wilayah. Menteri Kesehatan Budi Gunadi Sadikin mengatakan, hingga saat ini tim kesehatan Kemenkes telah menemukan beberapa penyakit menular di tengah masyarakat terdampak banjir dan tanah longsor, seperti campak, TBC, hingga leptospirosis.
Untuk mencegah penyebaran lebih luas, tim medis Kemenkes tengah melakukan imunisasi khusus di daerah-daerah yang telah teridentifikasi adanya masyarakat yang terkena penyakit menular dan dianggap rentan menular ke masyarakat lainnya.