Pembukaan SEA Games 2025 sejatinya berlangsung meriah. Pertunjukan tarian budaya tradisional yang dikombinasikan dengan permainan laser dan grafis LED membuat pembukaan itu tampak memukau. Akan tetapi, pembukaan dengan durasi lebih dari dua setengah jam itu tidak luput dari kontroversi. Setelah pelaksanaan opening ceremony yang sedikit tertunda karena Raja Vajiralongkorn dan Ratu Sineenat belum tiba, momen itu tercela dengan kesalahan teknis tertukarnya bendera Indonesia dengan Singapura.
Insiden tertukarnya bendera Merah Putih itu terjadi saat Indonesia diperkenalkan sebagai tuan rumah SEA Games 1997. Alih-alih menggunakan bendera Indonesia, panitia penyelenggara SEA Games 2025 menampilkan bendera Singapura.
Selain tertukarnya bendera Indonesia, pembukaan SEA Games 2025 juga terdapat kesalahan penampilan jumlah medali yang diperebutkan. Jumlah medali yang diperebutkan pada ajang ini adalah 574, namun yang ditampilkan pada monitor 547. Ketika kontingen Vietnam diperkenalkan, peta negara Vietnam tidak lengkap, karena tidak menampilkan Kepulauan Hoang Sa dan Truong Sa.