Penolakan terhadap rencana pemberian gelar Pahlawan Nasional kepada Presiden ke-2 RI, Soeharto, juga datang dari dua ormas Islam besar, Nahdlatul Ulama (NU) dan Muhammadiyah.
Dari Muhammadiyah, Pengurus Lembaga Hikmah dan Kebijakan Publik (LHKP) Pimpinan Pusat (PP) Muhammadiyah, Usman Hamid, menilai bahwa seorang pahlawan nasional harus memegang nilai-nilai kebenaran dan keberanian moral hingga akhir hayatnya. Usman menyoroti status hukum Soeharto yang tidak pernah tuntas hingga akhir kekuasaannya. Menurut Usman, pahlawan sejati adalah mereka yang memiliki keberanian moral dan berani berkorban demi kepentingan orang lain.
Sementara itu, Mustasyar Pengurus Besar Nahdlatul Ulama (PBNU) KH Ahmad Mustofa Bisri atau Gus Mus juga menyatakan keberatannya terhadap rencana pemerintah menganugerahkan gelar Pahlawan Nasional kepada Soeharto. Gus Mus mengenang, banyak ulama dan kiai pesantren diperlakukan tidak adil selama masa kekuasaan Soeharto. Ia juga menuturkan pengalaman Kiai Sahal Mahfudh yang pernah diminta menjadi penasehat Golkar Jawa Tengah. Gus Mus menilai, banyak ulama dan pejuang bangsa yang berjasa besar tetapi keluarganya tidak pernah mengajukan gelar pahlawan untuk menjaga keikhlasan amal kebaikan almarhum. Pengasuh Pesantren Raudlatut Thalibin, Leteh, Rembang, Jawa Tengah tersebut juga mengingatkan bahwa warga NU yang mendukung gelar pahlawan untuk Soeharto menunjukkan ketidaktahuan terhadap sejarah.