Komisi Nasional Hak Asasi Manusia (Komnas HAM) mencatat 21 Pasal krusial dalam Rancangan Undang-undang Nomor 39 Tahun 1999 tentang Hak Asasi Manusia (UU HAM) yang bermasalah baik dari sisi norma maupun kelembagaan. Pasal-pasal tersebut di antaranya Pasal 1, Pasal 10, Pasal 79, Pasal 80, Pasal 83-85, Pasal 87, Pasal 100, Pasal 102-104, Pasal 109, dan Pasal 127. “Dalam UU No. 39 Tahun 1999, Komnas HAM memiliki 4 tugas dan kewenangan utama sebagaimana diatur dalam Pasal 1 ayat (7), Pasal 75, dan Pasal 89 ayat (1-4): yakni pengkajian dan penelitian, penyuluhan, pemantauan dan mediasi,” ujar Wakil Ketua Eksternal Komnas HAM Putu Elvina dalam keterangan tertulis, Kamis (30/10).
Putu bilang potensi independensi Komnas HAM juga terancam sebagaimana Pasal 100 ayat (2) b di mana dikatakan panitia seleksi anggota Komnas HAM ditetapkan oleh Presiden. Dalam UU 39/1999, panitia seleksi ditetapkan oleh sidang paripurna Komnas HAM. Dengan demikian, hal itu bertentangan dengan prinsip independensi dalam proses seleksi anggota Komnas HAM sebagaimana diatur dalam Paris Principles. Putu menambahkan penguatan terhadap Komnas HAM seolah ada melalui pengaturan Pasal 112, rekomendasi Komnas HAM mengikat pemerintah dan anggota Komnas HAM dibantu oleh tenaga ahli.
Namun, lanjut Putu, hal itu tak berarti jika tugas dan wewenang Komnas HAM dikurangi, bahkan lebih dari setengah dari fungsi yang ada. Hal itu dinilai berpotensi menimbulkan konflik kepentingan, mengingat pemerintah kerap menjadi pihak yang diadukan dalam kasus dugaan pelanggaran HAM.