Menko Polhukam Mahfud MD menyebut Pondok Pesantren Al-Zaytun yang dipimpin Panji Gumilang adalah hasil operasi intelijen untuk memecah sisa-sisa gerakan Darul Islam atau Negara Islam Indonesia (NII) yang dicetuskan oleh Kartosoewirjo. Mahfud awalnya menceritakan, di masa awal kemerdekaan Indonesia, banyak pejuang dari kalangan Islam yang merasa terpinggirkan dan tak tertampung dalam tata kelola pemerintahan.
Menurutnya, hal itu imbas dari pendidikan politik warisan Pemerintah Hindia Belanda, yang cenderung diskriminatif. Kala itu, hanya kalangan Islam tertentu yang bisa masuk ke pemerintahan. Kalangan Islam yang terpinggirkan dalam tata kelola negara ini bahkan menimbulkan kemarahan sebagian kalangan, salah satunya adalah Kartosoewirjo yang kemudian mendirikan Darul Islam atau NII.
Mahfud menyebut, NII merupakan organisasi tanpa bentuk dan gerakan bawah tanah. Tapi NII memiliki struktur yang terdiri dari imam atau syekh yang memimpin, gubernur, menteri, bupati hingga camat. Meski sudah ditumpas diberbagai tempat, tapi Pemikiran Kartosoewirjo itu dipercaya masih hidup dan diteruskan oleh pengikut-pengikutnya. Akhirnya pemerintah melalui operasi intelijen pun menggalang gerakan untuk melemahkan NII. Yakni dengan cara dipecah, mengadu NII versus NII. Lebih lanjut, Mahfud membeberkan, NII hasil operasi intelijen dan bentukan pemerintah waktu itu salah satu wilayahnya adalah Komandemen 9, yang sekarang dikenal sebagai Al Zaytun.
