TNI membantah adanya faktor politik di balik pembatalan mutasi Letjen Kunto Arief Wibowo dan enam perwira tinggi (pati) lainnya. Dari informasi yang didapat Media Indonesia, ada pihak yang meminta Panglima TNI Jenderal Agus Subiyanto untuk bertanggung jawab soal mutasi yang berujung pembatalan karena banyak menimbulkan banyak persepsi.
Kepala Pusat Penerangan (Kapuspen) TNI Brigjen Kristomei Sianturi menegaskan tidak ada keterkaitan dengan unsur politik terkait tidak jadinya dimutasi anak dari Wakil Presiden ke-6 RI Try Sutrisno.
Adapun peneliti Institute for Security and Strategic Studies (ISESS) Khairul Fahmi menuturkan wajar bila publik merasa ada dimensi politik terkait pembatalan mutasi Letjen Kunto Arief Wibowo. Apalagi, kata Khairul, hubungan antara Panglima TNI Jenderal Agus Subiyanto saat ini dengan Presiden Jokowi dikenal cukup dekat.